SABIO-RK Datenbank

Datenbank für biochemische Reaktionskinetik

SABIO-RK (http://sabio.h-its.org) ist eine kuratierte, online zugängliche Datenbank für biochemische Reaktionen und deren detaillierten Informationen zu Reaktionsgeschwindigkeiten. Derzeit wird die Mehrzahl der notwendigen Daten manuell aus der Literatur extrahiert. Neue experimentelle Daten können auch direkt aus dem Experiment heraus eingepflegt werden. Die für die Eingabe in die SABIO-RK Datenbank wichtigen Daten werden dabei aus der wissenschaftlichen Literatur der letzten 50 Jahre gesammelt. SABIO-RK-Datenbanknutzer sind überwiegend Biowissenschaftler, die diese so genannten enzymkinetischen Daten zur Erstellung von Computermodellen und zur Simulation von biochemischen Reaktionen, Stoffwechselwegen und komplexen biologischen Netzwerken verwenden. Die Enzymkinetik beschreibt dabei die Konzentrationsabhängigkeit der Reaktionsgeschwindigkeit einer biochemischen Reaktion und bestimmt Parameter für ein einzelnes Protein, welches als Enzym, einem so genannten Biokatalysator fungiert. Da Enzyme biochemische Reaktionen beschleunigen und kontrollieren, ist die enzymkinetische Analyse zum Verständnis von Enzymfunktionen unerlässlich. Die relevanten Daten liegen aber in der Literatur in einer Form vor, die die Weiterverwendung (z.B. zur Modellbildung) erschwert. SABIO-RK ist nun ein Dienst, der das Auffinden der wichtigen Parameter und somit die Nachnutzung der Daten erleichtert. SABIO-RK ist entweder über eine Webseite durchsuchbar oder über web services direkt erreichbar.