Computational Molecular Evolution (CME)

Die  Gruppe „Computational Molecular Evolution“ (CME) beschäftigt sich mit Algorithmen, Hardware-Architekturen und dem Hochleistungsrechnen für die Bioinformatik.
Unsere Hauptforschungsgebiete sind:

• Rechnerbasierte molekulare Stammbaumrekonstruktion
• Analyse großer evolutionsbiologischer Datensätze
• Hochleistungsrechnen
• Quantifizierung von Biodiversität

Sekundäre Forschungsgebiete sind unter anderem:

• Neue parallele Rechnerarchitekturen (FPGAs, GPUs, Xeon PHI)
• Diskrete Algorithmen auf Bäumen
• Methoden der Populationsgenetik

Im Folgenden beschreiben wir unsere  Forschungsaktivitäten. Unsere Forschung setzt an der Schnittstelle zwischen Informatik, Elektrotechnik, Biologie und Bioinformatik an. Unser Ziel ist es, Evolutionsbiologen neue Methoden, Algorithmen, Computerarchitekturen und frei zugängliche Werkzeuge für die Analyse molekularer Daten zur Verfügung zu stellen. Unser grundlegendes Ziel ist es Forschung zu ermöglichen.  Die Evolutionsbiologie versucht die evolutionären Zusammenhänge zwischen Spezies sowie die Eigenschaften von Populationen innerhalb einer Spezies zu berechnen. In der modernen Biologie ist die Evolution eine weithin akzeptierte Tatsache und kann heute anhand von DNA analysiert, beobachtet und verfolgt werden. Ein berühmtes Zitat in diesem Zusammenhang stammt von Theodosius Dobzhansky: „Nichts in der Biologie ergibt Sinn, wenn es nicht im Licht der Evolution betrachtet wird“.

Wir arbeiten intensiv mit der neugegründeten Biodiversity Computing Group auf Kreta/Griechenland zusammen, die von CME-Gruppenleiter Alexandros Stamatakis im Rahmen eines ERA Chair der Europäischen Kommission geleitet wird.