TRAPP auf der Titelseite
Ein Artikel der HITS-Forscherin Dr. Daria Kokh (MCM) schaffte es auf die Titelseite des Journal of Chemical Information and Modeling. TRAPP (A Tool for Analysis of Transient Binding Pockets in Proteins) ist eine neue automatische Software-Plattform zum Auffinden, zur Analyse und Visualisierung von Bindungstaschen. Dabei wird die Veränderung einer Bindungstasche im Verlauf einer Proteinsimulation oder innerhalb eines Ensembles von Proteinstrukturen untersucht. Zu diesen Strukturänderungen, den Konformationen, zählen Änderungen in der Anordnung der Seitenketten und umfassende Bewegungen der Proteinkette. ,..TRAPP führt mit Hilfe einer räumlichen Gitterstruktur genaue Berechnungen der Form und physikochemischen Merkmale einer Bindungstasche für alle Proteinkonformationen einer Simulation durch. Die Plattform erkennt die konservierten und transienten, also variablen Bereiche einer Tasche in einem Ensemble von Proteinkonformationen. TRAPP stellt auch Werkzeuge bereit, um die Öffnung einer bestimmten Untertasche festzustellen sowie Aminosäurereste zu identifizieren, die zu einer Bindungsstelle beitragen. Dadurch ermöglicht es TRAPP, die Flexibilität einer Bindungstasche in die Bewertung einzubeziehen, ob ein krankheitsbezogenes Zielprotein als Bindestelle für Arzneistoffe geeignet ist
Das Projekt wurde in Zusammenarbeit mit Merck-Serono, Darmstadt, durchgeführt. D. B. Kokh, S. Richter, S. Henrich, P. Czodrowski, F. Rippmann, und R. C. Wade, J. Chem. Inf. Model., 2013, 53 (5), S. 1235–1252.
Über das HITS
Das HITS (Heidelberger Institut für Theoretische Studien) wurde 2010 von dem Physiker und SAP-Mitbegründer Klaus Tschira (1940-2015) und der Klaus Tschira Stiftung als privates, gemeinnütziges Forschungsinstitut gegründet. Es betreibt Grundlagenforschung in den Naturwissenschaften, der Mathematik und der Informatik. Zu den Hauptforschungsrichtungen zählen komplexe Simulationen auf verschiedenen Skalen, Datenwissenschaft und -analyse sowie die Entwicklung rechnergestützter Tools für die Forschung. Die Anwendungsfelder reichen von der Molekularbiologie bis zur Astrophysik. Ein wesentliches Merkmal des Instituts ist die Interdisziplinarität, die in zahlreichen gruppen- und disziplinübergreifenden Projekten umgesetzt wird. Die Grundfinanzierung des HITS wird von der Klaus Tschira Stiftung bereitgestellt.