ELIXIR fördert Aufbau einer „COVID-19 Disease Map“
Am HITS entwickelte Software liefert wichtigen Baustein für eine Datensammlung zu Pathogen-Wirt-Interaktionen bei SARS-CoV-2.
ELIXIR, das europäische Netzwerk für Forschungsinfrastruktur für lebenswissenschaftliche Daten und Informationen, hat den Aufbau einer COVID-19 Disease Map bekannt gegeben (https://www.nature.com/articles/s41597-020-0477-8). Das Projekt stellt unter Leitung von ELIXIR Luxemburg (https://covid.pages.uni.lu) das weltweit vorhandene Fachwissen zu molekularen Prozessen zusammen, die an Eintritt, Replikation und Pathogen-Wirt-Interaktionen bei SARS-CoV-2 beteiligt sind, und sammelt auch Informationen zu Reparaturmechanismen und Wiederherstellung der Zellen nach einer Infektion. Die Daten werden dabei auch grafisch in Form von „Disease Maps“ dargestellt und dienen der Fachwelt für einen besseren Überblick über das vorhandene Wissen zu COVID-19.
Die von HITS-Wissenschaftler/-innen mitbegründete FAIRDOM Initiative unterstützt die COVID-19 Disease Map durch seine FAIRDOMHub-Plattform (https://fairdomhub.org), die nun für den zentralen Austausch von Daten zwischen den beteiligten Wissenschaftler/innen benutzt wird. FAIRDOMHub basiert auf der SEEK-Software, die von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern der Forschungsgruppe „Scientific Databases and Visualization“ (SDBV) am HITS in den letzten 12 Jahren zusammen mit einem Team an der Universität Manchester (UK) entwickelt wurde und in verschiedenen Forschungsnetzwerken der Speicherung und dem Austausch von Daten dient. Nun hilft sie den etwa 200 Forschenden weltweit dabei, die molekularen Prozesse zu entschlüsseln, die den Infektionen und Krankheitsmechanismen bei COVID-19 zugrunde liegen.
Alle Fachexpert/-innen, die zum besseren Verständnis von COVID-19 beitragen wollen, können sich an dieser wissenschaftlichen Initiative beteiligen, da das Projekt frei zugänglich ist.
Weitere Informationen:
- Ostaszewski, M., Mazein, A., Gillespie, M.E. et al. COVID-19 Disease Map, building a computational repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms. Sci Data 7, 136 (2020). https://doi.org/10.1038/s41597-020-0477-8
- COVID-19 Disease Map: https://doi.org/10.17881/covid19-disease-map
- Molecular processes of coronavirus identified: https://www.mumc.nl/en/actueel/nieuws/molecular-processes-coronavirus-identified
- COVID-19 Disease Map on the MINERVA platform: https://covid19map.elixir-luxembourg.org
- FAIRDOM initiative: http://fair-dom.org
- ELIXIR Staff Exchange Project on FAIRDOM: https://elixir-europe.org/activities/fairdom
- WikiPathways https://wikipathways.org/
- Waagmeester A, Willighagen E. L., Su A. I. et al A protocol for adding knowledge to Wikidata, a case report, bioRxiv 2020.04.05.026336; https://doi.org/10.1101/2020.04.05.026336
Über das HITS
Das HITS (Heidelberger Institut für Theoretische Studien) wurde 2010 von dem Physiker und SAP-Mitbegründer Klaus Tschira (1940-2015) und der Klaus Tschira Stiftung als privates, gemeinnütziges Forschungsinstitut gegründet. Es betreibt Grundlagenforschung in den Naturwissenschaften, der Mathematik und der Informatik. Zu den Hauptforschungsrichtungen zählen komplexe Simulationen auf verschiedenen Skalen, Datenwissenschaft und -analyse sowie die Entwicklung rechnergestützter Tools für die Forschung. Die Anwendungsfelder reichen von der Molekularbiologie bis zur Astrophysik. Ein wesentliches Merkmal des Instituts ist die Interdisziplinarität, die in zahlreichen gruppen- und disziplinübergreifenden Projekten umgesetzt wird. Die Grundfinanzierung des HITS wird von der Klaus Tschira Stiftung bereitgestellt.