„Hands on“: Auszeichnung für Bioinformatik-Praktikum
Die Lehrveranstaltung „Hands-on Bioinformatics Practical“ von Prof. Alexandros Stamatakis und Dr. Tomas Flouri wird als bestes Praktikum des Fachbereichs Informatik am Karlsruher Institut für Technologie (KIT) ausgezeichnet. Die beiden Forscher, die am Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS) und am KIT arbeiten, erhalten ihre Urkunden am 8. Juli im Rahmen der Feierlichkeiten zum Tag der Informatik 2016. http://www.informatik.kit.edu/7054_8776.php
In dem Praktikum sollten die Studierenden ein Open-Source-Werkzeug oder eine Pipeline für die Analyse biologischer Sequenzdaten entwickeln. Ziel war es, ein für die Biologie nützliches und von Biologen nutzbares neues Werkzeug zur Verfügung zu stellen. Es sollte dann nach Möglichkeit in einer wissenschaftlichen Fachzeitschrift mit peer-review publiziert werden. Die Nachwuchsinformatiker arbeiteten in Dreierteams, benutzten Versionsmanagement-Tools wie „github“, lernten das Laufzeitverhalten von Programmen anhand entsprechender Tools zu analysieren und zu optimieren und C-Programme auf Speicherlecks (zum Beispiel mit der Werkzeugsammlung Valgrind) zu testen. Sechs Studierende nahmen an dem Praktikum teil. Die Ergebnisse wurden als Preprint veröffentlicht. http://biorxiv.org/content/early/2015/11/29/033191
Auch mit den Praktikumsteilnehmern des Vorjahres wurden die Ergebnisse des Praktikums publiziert: http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-0985-x
Alexandros Stamatakis ist Leiter der Forschungsgruppe Scientific Computing am HITS und Professor für High Performance Computing in den Lebenswissenschaften am KIT, sowie adjunct Professor an der University of Arizona at Tucson. Tomas Flouri ist ein ans HITS abgeordneter Mitarbeiter am Lehrstuhl Stamatakis. Bereits im letzten Jahr wurde die beiden Forscher gemeinsam mit anderen Mitgliedern der Scientific Computing Gruppe des HITS für die beste Vorlesung im Wahlbereich des Masterstudienganges Informatik des KIT ausgezeichnet. http://www.h-its.org/sco-aktuelles/sco-forscher-beste-vorlesung-am-kit/
Über das HITS
Das HITS (Heidelberger Institut für Theoretische Studien) wurde 2010 von dem Physiker und SAP-Mitbegründer Klaus Tschira (1940-2015) und der Klaus Tschira Stiftung als privates, gemeinnütziges Forschungsinstitut gegründet. Es betreibt Grundlagenforschung in den Naturwissenschaften, der Mathematik und der Informatik. Zu den Hauptforschungsrichtungen zählen komplexe Simulationen auf verschiedenen Skalen, Datenwissenschaft und -analyse sowie die Entwicklung rechnergestützter Tools für die Forschung. Die Anwendungsfelder reichen von der Molekularbiologie bis zur Astrophysik. Ein wesentliches Merkmal des Instituts ist die Interdisziplinarität, die in zahlreichen gruppen- und disziplinübergreifenden Projekten umgesetzt wird. Die Grundfinanzierung des HITS wird von der Klaus Tschira Stiftung bereitgestellt.