FAIRDOM-SEEK – webbasierte Plattform für Forschungsdaten
FAIRDOM-SEEK ist eine Open-Source, webbasierte Datenmanagementplattform für heterogene Forschungsdaten, Modelle, Simulationen und Workflows.
FAIRDOM-SEEK wird innerhalb des FAIRDOM Konsortiums entwickelt, in dem Partner aus Großbritannien, Belgien, Norwegen, den Niederlanden, Südafrika und Deutschland zusammenarbeiten. Die Arbeitsgruppe Scientific Databases and Visualization (SDBV) am HITS ist Gründungsmitglied von FAIRDOM und leistet einen Hauptanteil der Entwicklungsarbeit an FAIRDOM-SEEK.
Die FAIRDOM-SEEK Software kann heruntergeladen, installiert und lokal für die Speicherung und das Teilen von Forschungsdaten innerhalb von Arbeitsgruppen und Projekten genutzt werden. Beispiele für lokale FAIRDOM-SEEK Installationen sind u.a.: LiSyM (Liver Systems Medicine), IBISBA, Leipzig Health Atlas, und NFDI4Health Study Hub Covid-19.
Eine frei zugängliche Version von FAIRDOM-SEEK ist FAIRDOMHub, die am HITS gehostet wird.
HITS verwendet FAIRDOM-SEEK für die Verwaltung der Veröffentlichungen der einzelnen Arbeitsgruppen am HITS. Die Publikationen werden automatisch von der Plattform extrahiert und auf den HITS Webseiten eingespeist.
Weitere Quellen:
Wolstencroft, K, Owen, S, Krebs, O, Nguyen, Q, Stanford, NJ, Golebiewski, M, Weidemann, A, Bittkowski, M, An, L, Shockley, D, Snoep, JL, Mueller, W, Goble, C (2015) SEEK: a systems biology data and model management platform. BMC Systems Biology, 9:33, 33 DOI: 10.1186/s12918-015-0174-y
Wolstencroft K, Krebs O, Snoep J.L, Stanford N.J, Bacall F, Golebiewski M, Kuzyakiv R, Nguyen Q, Owen S, Soiland-Reyes S, Straszewski J, Van Niekerk D.D, Williams A.R, Malmström L, Rinn B, Müller W, and Goble C (2016) FAIRDOMHub: a repository and collaboration environment for sharing systems biology research. Nucleic Acids Research, 45:D1, D404-7 DOI: 10.1093/nar/gkw1032
Über das HITS
Das HITS (Heidelberger Institut für Theoretische Studien) wurde 2010 von dem Physiker und SAP-Mitbegründer Klaus Tschira (1940-2015) und der Klaus Tschira Stiftung als privates, gemeinnütziges Forschungsinstitut gegründet. Es betreibt Grundlagenforschung in den Naturwissenschaften, der Mathematik und der Informatik. Zu den Hauptforschungsrichtungen zählen komplexe Simulationen auf verschiedenen Skalen, Datenwissenschaft und -analyse sowie die Entwicklung rechnergestützter Tools für die Forschung. Die Anwendungsfelder reichen von der Molekularbiologie bis zur Astrophysik. Ein wesentliches Merkmal des Instituts ist die Interdisziplinarität, die in zahlreichen gruppen- und disziplinübergreifenden Projekten umgesetzt wird. Die Grundfinanzierung des HITS wird von der Klaus Tschira Stiftung bereitgestellt.