SDA7 – Brownsche Dynamiksimulationen von Proteinen
Forscher/-innen der Molecular and Cellular Modeling (MCM) Gruppe entwickeln am HITS die Software „Simulation of Diffusional Association“ (SDA) 7 .
SDA7 kann zur Durchführung von Brownian-Dynamics-Simulationen der diffusionalen Assoziation zweier gelöster Moleküle, z. B. Proteine, oder eines gelösten Moleküls vor einer anorganischen Oberfläche in einem kontinuierlichen wässrigen Lösungsmittel verwendet werden. SDA7 kann auch verwendet werden, um die Diffusion mehrerer Proteine in verdünnten oder konzentrierten Lösungen zu simulieren, z. B. um die Auswirkungen von makromolekularem Gedränge zu untersuchen. Zu den kürzlich hinzugefügten Funktionen gehören Methoden zur Modellierung hydrodynamischer und elektrostatischer Wechselwirkungen in Brownian Dynamics-Simulationen der Diffusion von Proteinmolekülen vor einer Oberfläche.
Das SDA7-Softwarepaket ist unter https://mcm.h-its.org/sda7 verfügbar, und ein Teil der Funktionalität ist im webSDA-Webserver implementiert.
Weitere Quellen:
Reinhardt M, Bruce NJ, Kokh DB, Wade RC (2021). Brownian Dynamics Simulations of Proteins in the Presence of Surfaces: Long-Range Electrostatics and Mean-Field Hydrodynamics, J. Chem. Theory Comput. 17(6):3510-3524
Martinez M, Bruce NJ, Romanowska J, Kokh DB, Ozboyaci M, Yu X, Öztürk MA, Richter S, Wade RC (2015). SDA 7: A modular and parallel implementation of the simulation of diffusional association software, J. Comput. Chem. 36(21):1631-1645
Yu X, Martinez M, Gable AL, Fuller JC, Bruce NJ, Richter S, Wade RC (2015). webSDA: a web server to simulate macromolecular diffusional association, Nucleic Acids Res 43(W1):W220-W224
Über das HITS
Das HITS (Heidelberger Institut für Theoretische Studien) wurde 2010 von dem Physiker und SAP-Mitbegründer Klaus Tschira (1940-2015) und der Klaus Tschira Stiftung als privates, gemeinnütziges Forschungsinstitut gegründet. Es betreibt Grundlagenforschung in den Naturwissenschaften, der Mathematik und der Informatik. Zu den Hauptforschungsrichtungen zählen komplexe Simulationen auf verschiedenen Skalen, Datenwissenschaft und -analyse sowie die Entwicklung rechnergestützter Tools für die Forschung. Die Anwendungsfelder reichen von der Molekularbiologie bis zur Astrophysik. Ein wesentliches Merkmal des Instituts ist die Interdisziplinarität, die in zahlreichen gruppen- und disziplinübergreifenden Projekten umgesetzt wird. Die Grundfinanzierung des HITS wird von der Klaus Tschira Stiftung bereitgestellt.