Mit Bioinformatik neue Bakterienarten im menschlichen Darm entdeckt
Neue Software-Methoden zeigen, dass rund die Hälfte der Bakterienspezies im menschlichen Darm zu noch unbekannten Arten gehören.
Mit neuen Software-Methoden konnte ein Team aus Molekularbiologen und Informatikern zeigen, dass rund die Hälfte der Bakterienspezies im menschlichen Darm zu noch unbekannten Arten gehören. Wie sie im Fachmagazin Nature Methods berichten, untersuchten Forscher unter der Leitung von Peer Bork (European Molecular Biology Laboratory, EMBL) die genetischen Informationen aus rund 250 Stuhlproben. Die Unmengen gefundener Erbgutfragmente wurden digitalisiert, per Computer geordnet und dem Erbgut von rund tausend Arten zugeordnet. „Mit unserer neuen Methode können wir erstmals anhand eines Stammbaums auch bisher unbekannte Arten identifizieren“, sagt Alexandros Stamatakis, Leiter der Forschungsgruppe „Scientific Computing“ am Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS). Stamatakis, der zugleich auch Professor für High Performance Computing in den Lebenswissenschaften am Karlsruhe Institut für Technologie (KIT) ist, forscht über die Entwicklung von Software und Methoden zur molekularen Datenanalyse in der Evolutionsbiologie und rekonstruiert Stammbäume von Pflanzen, Insekten und Vögeln.
Zur wissenschaftlichen Publikation: doi:10.1038/nmeth.2693
(Nature Methods, online veröffentlicht am 20.10.2013)
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Über das HITS
Das HITS (Heidelberger Institut für Theoretische Studien) wurde 2010 von dem Physiker und SAP-Mitbegründer Klaus Tschira (1940-2015) und der Klaus Tschira Stiftung als privates, gemeinnütziges Forschungsinstitut gegründet. Es betreibt Grundlagenforschung in den Naturwissenschaften, der Mathematik und der Informatik. Zu den Hauptforschungsrichtungen zählen komplexe Simulationen auf verschiedenen Skalen, Datenwissenschaft und -analyse sowie die Entwicklung rechnergestützter Tools für die Forschung. Die Anwendungsfelder reichen von der Molekularbiologie bis zur Astrophysik. Ein wesentliches Merkmal des Instituts ist die Interdisziplinarität, die in zahlreichen gruppen- und disziplinübergreifenden Projekten umgesetzt wird. Die Grundfinanzierung des HITS wird von der Klaus Tschira Stiftung bereitgestellt.